Halcyon 6: Starbase Commander ist ein Managementstrategiespiel mit Rollenspielelementen in einer Science-Fiction-Umgebung. Sie müssen das Kommando über eine alte mächtige Basis übernehmen, die praktisch verlassen wurde. Plötzlich beschloss eine riesige Streitmacht von Außerirdischen, über die Menschenwelt herzufallen, und nur Sie können die Welt retten. Gleichzeitig müssen Sie die Welten erkunden, Ressourcen sammeln und Ihrem Team beim Überleben helfen. Neben der üblichen Verbesserung der Basis und der Flotte müssen die Benutzer zahlreiche Story-Missionen absolvieren, das Crew-Management beherrschen, Sternensysteme und Planeten erkunden sowie Weltraumschlachten absolvieren.