Das Black Mesa: Military-Team hat eine neue Version der Einzelspieler-Mod veröffentlicht, in der Spieler eingeladen werden, in die Rolle eines Soldaten der HECU-Spezialeinheiten, eines gewissen Stephen Mills, zu schlüpfen.

Die High Environment Combat Unit (HECU) war bereits 1999 in der offiziellen Fortsetzung von Gearbox Half-Life: Opposing Force zu sehen, aber die Black Mesa-Mod erzählt ihre eigene Geschichte, die nichts mit den Abenteuern von Corporal Shepard zu tun hat.

Die Autoren versichern, dass die Handlung der Modifikation versucht, dem Half-Life-Kanon zu folgen und nicht gegen die offizielle Geschichte zu verstoßen. Die neue Version 2.2 umfasst mehrere Kapitel und bietet 6 Level: Arrival, Dangerous Facility, Heavy Fire, Escalation, Eliminate Freeman und Newcomers.