Die Geschichte der Modifikation erzählt die Geschichte des Söldners mit dem Spitznamen Pale und seinem Ziel, seinen vermissten Kameraden, den Stalker Dan, zu finden. Die Modifikation enthält 4 völlig unterschiedliche Enden, die das Schicksal der Hauptfigur beeinflussen, sowie Nebenenden, die sich auf das Schicksal der Charaktere beziehen, denen der Spieler während seiner Passage begegnen wird.

Die Handlung des Spiels führt die Spieler durch 7 Orte, darunter:

– Red Forest

– Amber

– Limansk

– Pripyat

– Dead City

– Labor X8

– Fegefeuer