Naruto Gekitou Ninja Taisen 4 – Handlung und Aufbau des Spiels decken die Ereignisse der Mission zur Wiederherstellung von Sasuke ab. Es werden jedoch zusätzliche Freiheiten genommen, wie zum Beispiel, dass Sound 4 Sasuke dazu verleitet, zu gehen, während Naruto und Sakura in der Nähe sind (was Naruto dazu veranlasst, zu versuchen, Sasuke frühzeitig aufzuhalten) und dass Itachi und Kisame zuvor mit Sound 4 in einen Streit geraten.