Aktionen finden im Jahr 2011 statt. Fünf Jahre sind seit der zweiten Katastrophe vergangen, die die Ereignisse vom April 1986 in den Schatten stellte. Die Zone ist einer zunehmenden Häufigkeit von Emissionen ausgesetzt, die anormale Felder und offene Straßen an zuvor unzugängliche Orte verlagern. Clans kämpfen um Schlüsselpositionen und neue Gebiete. Stalker sterben, aber es tauchen sofort neue auf. Wissenschaftliche Expeditionen aus dem „Westen“ kommen in die Zone, um das seltsame Geheimnis dieser Zone zu lüften.